Nello spirito della riforma domenicana e tridentina, verso la meta' del secolo XVI Padre Sante Cini gia priore di San Domenico e di San Marco penso' di aggregare uomini e giovani volenterosi per attendere comunitariamente ad opere di carita e di pieta cristiana e nel 1566 comincio a riunire i primi fondatori della congregazione nella cappella del noviziato di S.Marco.

     L'anno successivo, poiche' i compagni erano gia 360, si decise di trovare un lugo piu' idoneo per le riunioni e questo fu un piccolo oratorio donato alla compagnia della famiglia De Paoli insieme ad alcune cassette in via della Pergola che vennero demolite per costruire Ia nuova chiesa e l'annesso ospizio (quasi scomparso).

     II progetto dei lavori fu affidato a Santi di Tito che esegui' anche la decorazione del soffitto, rifatto nel 1710 da Giovanni Camillo Sagrestani e da Ranieri Del Pace, e dipinse la tavola per l'altare maggiore raffigurante il Crocifisso e San Tommaso d 'Aquino restituita all'oratorio dopo il restauro (1879-80).

     Il pittore esegui' anche alcuni dipinti per l'ospizio tra i quali quelli relativi alle opere di misericordia e altri concernenti i fatti della vita del santo. Lo stesso Santi di Tito venne accettato nella congregazione nel 1568 ed eletto Maggiore nel 1573.

     Il busto marmoreo di San Tommaso d'Aquino collocato sopra la porta e' opera di Carlo Andrea Marcellini (1690 1700 c.) e la facciata era stata affrescata da Jacopo Chiavistelli.

     Dopo che alcuni congregati avevano fatto adornare l'altare di scagliole dal modenese Carlo Chibertoni, nel 1695 si decise di estendere la decorazione a tutte le pareti della chiesa.

     Numerose opere d'arte di insigni autori completavano la dotazione della chiesa e dell'ospizio e tra esse si ricordano una tavola di scuola giottesca raffigurante la Madonna col Bambino e una scultura a tutto rilievo con lo stesso soggetto attribuita a Luca della Robbia. Il fondatore del "San Tommasino" mori nel 1570 a soli 46 anni ma l'opera continuo' a lungo.

     Nel 1785 il governo granducale assegno l'oratorio alla parrochia di S Pier Maggiore (Santissima Annunziata) e di San Michele Visdomini e nel 1790 ne accordo la proprieta' alla Congregazione di San Francesco Saverio della Buona Morte alla quale nel 1703 fu affiliata la compagnia di Gesa detta dei Nobili.

     Nell'anno 1902 la congregazione di San Francesco Saverio fu fusa con quella del Santissimo nome di Gesa e furono approvate dalla Curia arcivescovile di Firenze le nuove costituzioni dell'attuale venerabile Congregazione di San Francesco Saverio e del Santissimo nome di Gesu', detta la disciplina dei nobili.
     Attualmente l'oratorio ospita la Comunita di San Egidio.