II primitivo ospedale gerosolimitano intitolato a San Niccolo de' Freri accolse dalla meta del Trecento fino all'anno 1529 le religiose di quell'ordine. Dopo l'assedlo d1 Firenze del 1530 servi' di rifugio ai frati Ingesuati provenlenti dal distrutto convento di San Giusto alle mura, fuori la porta a Pinti e poiche' detti frati portavano un cappuccio a forrna di lunga calza, il convento venne denominato San Giovannino a san Giusto della Calza.

     Nel 1670 dopo la soppressione dell'ordine, chiesa e convento divennero comrnenda abbaziale e nel 1859, dopo vicende diverse vi fu insediato il Semlnario rninore fiorentlno.
Dal 1936, dopo il trasferimento ad altra sede del seminano, l'intero complesso, acquistato dalle Suore dell'Adorazione Perpetua, e' stato ristrutturato con interventi protratti negli anni successivi. La chiesa fu ampliata dai frati Ingesuati che vi costruirono anche il campanile e vi portarono dal loro vecchio convento di San Giusto alle mura fuori Porta a Pinti, insierne ad altre opere, tre tavole del Perugino e una del Ghirlandaio trasferita poi alle gallerie statali.
Sopra il portale esterno: - Busto di Cristo, di ignoto scultore fiorentino del sec. XVII.
-Sull'architrave interna: terracotta del sec. XVI raffigurante Busto di Cristo.
-Nella portineria: Crocifisso del sec. XVI proveniente dalla chiesa di Sant'Agata.
Nella chiesa:dietro l'altar maggiore, i Santi Michele Arcangelo e Giovanni Evangelista, di Jacopo Chimenti detto I'Ernpoli (dalla soppressa chiesa di Santa Maria degli Angeli).
- Nel refettorio dell'ex convento si conserva il Cenacolo dipinto nel 1514 da Francesco di Cristofano detto il Franciabigio, che svolge entro la superficie di tre lunette la scena del tradimento di Giuda;
- alle pareti laterali si trovano alcuni affreschi con storie del Beato Colombini attribuiti ad artisti del secolo XVIII: Giuseppe Zocchi, Tommaso Gherardini, Salvatore Mannoioni; - nel convento, un Crocifisso attribuito a Lorenzo Monaco e una copia quattrocentesca della Madonna dei Pazzi di Donatello.

     Il chiostro asimmetrico ha volte a crociera, archi a tutto sesto e colonne con capitelli toscani. Di questo loggiato appartiene all'antico edificio soltanto il braccio sinistro su cui si apre l'ingresso; l'ala opposta con il fabbricato pertinente fu costruita nel 1906 a cura dell'Arcivescovo Maria Mistrangelo di cui si vede lo stemma su uno degli archi.