La "Societa Nuova di Santa Maria" detta poi della Misericordia, che assunse l'impegno caritatevole delI'assistenza agli infermi e il pietoso incarico di seppellire i morti, ebbe la sua prima sede nei locali di Santa Maria Novella.

     Nel 1321 acquisto', con l'aiuto di vari benefattori, in piazza San Giovanni da Balduccio Adimari, uno stabile che ridusse a propria sede e che amplio' nel 1351.
Nel 1329 il Comune di Firenze l'aveva legalmente riconosciuta e i cittadiini avevano subito dimostrato la loro simpatia attraverso lasciti e offerte che si erano maggiormente intensificate durante le pestilenze e carestie.

     Nel 1425 essa si fuse con la Compagnia del Bigallo riconquistando poi la sua indipendenza nel 1489 allorche' si trasferi nei pressi della vicina chiesa di San Cristofano degli Adimari, prima di stabilirsi definitivamente nel 1576 in piazza del Duomo nel palazzo degli "Uffiziali dei Pupilli", restaurato da Alfonso Parigi (1575-1578), dove tuttora risiede, con il nome di Nuova Misericordia eleggendo a suo patrono San Sebastiano.

     L'attuale facciata del palazzo, come gli interni, sono il risultato di successive trasformazioni avvenute a partire dalla fine del Settecento su disegno di Stefano Diletti. I documenti del ricco archivio e le opere d'arte conservate nelle varie sale dell'edificio e nel museo sono la testimonianza tangibile dell'interesse dimostrato dai fiorentini per questa antica istituzione che ancora oggi annovera circa tredicimila iscritti e duemila "fratelli" attivi che indossano nere cappe con cappuccio e breffa (in origine rosse) adottate durante la peste del 1630.

     ll piccolo museo raccoglie stampe, miniature, dipinti e arredi liturgici.

     Tra le opere di particolare rilievo si segnalano la tavola del Bachiacca con la Madonna, il Bambino, Santa Elisabetta e San Giovannino e l'affreso staccato, proveniente da un tabernacolo esistente all'esterno dell'edificio, attribuito ad Andrea del Verrocchio.

     Fra le opere recentemente donate figurano la tavola con i Santi Fabiano e Sebastiano attribuita a Marco Palmezzano, il San Giovanni Battista assegnato a Giovanni Marchini seguace di Alvise Vivarini e La Madonna trecentesca del cosi detto Maestro di Montefloscoli.