L'edificio di modesto impianto architettonico fu costruito a ridosso delle antiche mura cittadine nel 1561 per la Confraternita del Ceppo, sorta nella soppressa chiesa di S.Jacopo e Filippo di Via delle Torricelle presso il Corso dei Tintori, nel XIV secolo, la cui denominazione dovrebbe risalire all'ospedale omonimo presso il quale il sodalizio ebbe la sua sede per un periodo dal 1417.

     ll nome "ceppo" viene anche riferito al tronco d'albero cavo dove i fedeli introducevano le monete destinate ai poveri.
     Il portale d'ingresso sulla Via Pandolifni e' sormontato da una cornice aggettante e lunetta sovrastante con fregi laterali e uno stemma alla sommita, riferibile alla confraternita ma scarsamente leggibile per l'avanzata corrosione.

     Nel corso dei secoli XVII e XVIII, l'interno dell'oratorio fu decorato e arricchito di opere d'arte.
Sopra una delle porte del vestibolo (gia loggia) e' l'affresco di Peter Candid de Wit con la Madonna e Santi, datato 1585; gli ovali appesi alle pareti del vestibolo, opere di Onorio Marinari, raffigurano San Gerolarno e San Francesco e sono del 1695; le tele con San Niccolo e Sant'Antonio furono eseguite nel 1737 da Giovan Camillo Ciabilli: la volta affrescata con angeli volanti da Giovan Domenico Ferretti va assegnata al 1735 circa.

     Degli stessi anni e' anche il soffitto della chiesta con Storie di San Niccolo' alla cui esecuzione parteciparano, oltre al Fenetti, Pietro Anderlini, Domenico e Francesco Maria Papi.
Tra le opere che costituivano originariamente il patrimonio artistico dell'oratorio ricordiamo: il dipinto del Beato Angelico con crocifisso tra i Santi Nicola e Franceso (1430 c.) attualmente in deposito al Museo di San Marco; lo stendedaro a due facce, di Giovannantonio Sogliani con la Visitazione e con San Nicola e due fanciulli della compagnia (1517-21) e di France-sco Curradi, la Crocifissione e la Deposizione (1610) e infine, la scultura in stucco raffigurante la Vergine col Bambino di Camillo Camilliani (1572).
Merita una particolare attenzione anche l'arredo ligneo secentesco di Filippo e Tommaso Rigacci, che ripropone al visitatore l'originario aspetto ambientale della Confraternita. Di fronte all'oratorio e il taberna-colo del canto alla Badessa con l'affresco raffigurante l'Annunciazione attribuito a Giovanni Baldacci.