I fossi che indicano l'originaria posizione della chiesa, correvano lungo il cosiddetto secondo cerchio di mura - in realta' il quinto - sul tracciato dell'attuale via dei Benci - fra porta dei Buoi - all'incrocio con via dei Neri - e porta San Piero - circa all'incrocio con via dell'Oriolo, zona bassa e urnida, sovente invasa dalle piene dell'Arno.

     La penultima cerchia di mura includeva sul lato sud-est una delle piu antiche chiese di Firenze: San Jacopo.
Se ne ignora l'anno di fondazione, ma era una delle trentasei parrocchie officiate, nel secolo XI, da preti secolari: i grandi blocchi di pietra forte, esattamente squadrati, dall'antica facciata, ancora ben visibili su via delle Brache, hanno sempre fatto ritenere che la chiesa fosse stata eseguita con i materiali di recupero provenienti dal vicino anfiteatro romano.

     Nel 1175 la chiesa apparteneva all'Ordine Vallombrosano e dipendeva dall'Abate di San Salvi.
Dopo la costruzione dell'ultimo cerchio di mura, bonificato il pantano di Corso dei Tintori e intensamente urbanizzata la zona di Santa Croce, i Vallombrosani decisero di mutare l'orientamento della chiesa, chiudendo porte e finestre verso via delle Brache e ricavando l'ingresso dove prima era l'altar maggiore, ingresso aperto nel sec. XIV, verso la piazza "dei fossi".

     Nel 1532, per decreto di papa Clemente VII, i Vallombrosani furono costretti a cedere la chiesa agli Agostiniani di Lombardia, che durante l'assedio del 1529-30 avevano perduto il loro ricchissimo convento fuori di porta San Gallo.
Venendo ad abitare dentro le mura gli Agostiniani portarono tutti i loro importanti arredi. Gli Agostiniani ristrutturarono il chiostro, il convento e la chiesa: sui nove altari, quattro per ciascun lato, furono collocate opere provenienti dal convento di San Gallo; vi si trovava, fra le altre, il Noli me tangere, opera giovanile di Andrea del Sarto, oggi nel museo di San Salvi.

     ll convento fu soppresso nel 1808 e la chiesa nuovamente affidata ad alcuni preti secolari, ma nel 1849 venne sconsacrata e ridotta a caserma; tutte le opere d'arte furono inviate al centro di raccolta dell'Accademia, ad eccezione di una che ancora si trova sul luogo: la grande tela ottagona con Sant'Agostino in estasi , l'eresia umiliata e il trionfo della fede di Alessandro Gherardini, inserita al centro del grande soffitto ligneo intagliato, del 1650 circa, perche' difficilmente asportabile.

     ll reverendo John Mac Dougall, con le sovvenzioni della Chiesa scozzese, acquisto' tutto il complesso nel 1874: la chiesa fu consacrata al culto evangelico e il convento adibito a scuole. Oggi accoglie attivita' religiose, culturali e soprattutto musicali della Chiesa Evangelico Metodista Italiana.