Lungo l'antica via Aretina si incontravano la chiesa e il convento vallombrosano di San Salvi - dal francese Saint Sauve vescovo di Amiens, vissuto al principio del secolo VII - edificato sul luogo di un precedente oratorio dedicato al santo.
Isolato, con grandi aree di pertinenza che i monaci avevano bonificato e reso fertili, soprattutto mantenendo a regime il corso dell'Arno, il convento rappresento' dal 1048 fino al 1519 un caposaldo dell'Ordine vallombrosano alle porte della citta'.

     Agli inizi del Cinquecento il monaco llario Panichi amplio' il convento e commissiono ad Andrea del Sarto gli affreschi terminati nel 1527.
     Vi sono raffigurati, l'UItima Cena nella parete di fondo del refettorio, e cinque tondi con la Trinita' e quattro santi vallombrosani, inquadrati da grottesche di Andrea di Cosimo Feltrucci nel sottarco. Due anni dopo, in previsione dell'assedio da parte delle truppe di Carlo V, fu deciso di abbattere tutti gli edifici in prossimita delle mura per fare terra bruciata intorno alla citta e, tradizione vuole, che una parte del convento sia stata risparmiata per rispetto dell'affresco.

     L'edificio sopravvisse all'assedio e alcuni anni dopo, eseguiti i restauri, fu assegnato alle monache vallambrosane di clausura, dette "donne di Faenza", la cui sede, a porta a Faenza, era stata distrutta durante la costruzione della Fortezza da Basso.

     Dal loro convento provengono probabilmente i due sportelli di tabernacolo con l'Annunciazione e Santi, San Giovanni Battista, San Nicola, Santa Umilta' e un'altra Santa Martire di scuola fiorentina del sec. XV, oggi esposti nella sala del lavabo.
     Dopo le varie soppressioni il convento, incamerato dallo Stato fra il 1818 e il 1822, fu destinato a museo, primo fra tutti i cenacoli fiorentini, anche se aperto al pubblico solo dopo il 1845.

     Nel secolo XIX, il "magazzino di San Salvi" - insieme con quelli di San Marco e dell'Accademia - costitui' un deposito di opere d'arte, specialmente tele di grandi dimensioni provenienti da conventi, e confraternite soppressi, fino a che, dopo l'alluvione del 1966 furono intrapresi i restauri dell'edificio e del capolavoro sartesco.

     Negli splendidi ambienti cinquecenteschi, cosi recuperati, e' stato sistemato un museo, inaugurato nel 1982, in cui sono esposte opere del XVI secolo legate al tempo e all'ambiente di Andrea del Sarto precedentemente nei depositi delle Gallerie fiorentine: pale di Raffaellino del Garbo, Fra' Bartolomeo, Franciabigio, Giorgio Vasari, Ridolfo del Ghirlandaio, Giovanni Antonio Soliani, Santi di Tito.

     Nel vano terminale del corridoio sono esposti 25 frammenti del monumento funebre di San Giovanni Gualberto, commissionato dall'abate dei vallombrosani Biagio Milanesi a Benedetto da Rovezzano nel 1505 e destinato all'abbazia di Passignano. Bededetto lavorava allora nel palazzo del Guarlone attiguo a San Salvi, allora residenza dell'abate e oggi inserito fra gli edifici dell'ex Ospedale Psichiatrico. Durante l'assedio del 1530 i pannelli scolpiti furono gravemente danneggiati e resi inutilizzabili; sono stati qui riuniti tutti i frammenti che si trovavano nelle gallerie fiorentine. Al centro della sala si conserva un calco della tomba di Ilaria del Carretto eseguito nel 1887 da Giuseppe Lelli e da allora sempre rimasto a San Salvi.

     Nell'antico refettorio del convento, dove e' dipinta la grande Cena di Andrea del Sarto, sono esposte la giovanile Armunciazione, proveniente da un tabernacolo presso "lo sdrucciolo di Or San Michele", e il Noli me tangere appartenuto al convento di San Gallo, dello stesso Andrea. Sulla parete di ingresso del salone documentano l'importanza e il prestigio goduti da Andrea, in tutto l'arco del secolo, le versioni cinquecentesche di quattro Storie del Battista, del chiostro dello Scalzo, due copie dei perduti affreschi con la Parabola della Vigna - gia' nell'orto dei Servi - e una copia della Madonna del tabernacolo di Porta a Pinti, alfresco oggi scomparso.

     I due ambienti che precedono il refettorio sono connessi alla sua funzione: la sala con l'elegante lavabo di Benedetto da Rovezzano e l'affresco con la Samaritama al pozzo , attribuita a Cosimo Garnberucci, e la cucina con il grande camino. In questa sala e esposto il dipinto Madonna con il Bambino e San Giovannino, attribuito al Pontormo.