Il monastero agostiniamo di Santa Monaca, gia istituito nella citta di San Miniato al Tedesco, fu trasterito a Firenze nel 1447 per i trequenti assalti delle truppe di Baldaccio d'Anghiari durante la lunga guerra tra Pisa e Firenze.
I benefattori del convento, tra i quali erano Ubertino de Bardi con la moglie che attribuirono la nascita di un figlio alle preghiere della badessa, acquistarono nel quartiere di Santo Spirito un casamento denominato l' "albergaccio" e dopo aver attuato modeste ristrutturazioni lo donarono a quelle religiose.
La costruzione dell'attuale chiesa fu iniziata da Jacopo de' Bardi demolendo a tal fine sei case preesistenti ma i lavori furono sospesi per l'opposizione dei frati del vicino Carmine che ricorsero a giudizio e abbatterono anche gli stipiti della porta della chiesa asportandone le basi.
Soltanto nel 1449 un breve papale concesse la prosecuzione dei lavori nei limiti del primo progetto. Tra le molte condizioni e restrizioni veniva anche stabilito che il monastero non avesse piu' di una campana e del peso non superiore a cento libbre.
In seguito, per la protezione degli agostiniani di Santo Spirito e la unificenza delle famiglie Bardi e Cappo￿ni la chiesa venne ampliata e abbellita.
Alla morte di Cosimo I de' Medici Camilla Martelli, sua seconda moglie scelta fuori dal proprio ceto e consi￿derata moglie morganatica, rinchiusta inizialmente dal figlio Francesco I nel monastero delle Murate, ottenne di essere trasferita in quello di Santa Monaca.
Sul portale quattrocentesco della chiesa, soppressa con il convento nel 1808, e' lo stemma dei Capponi.
All'interno: volta affrescata con Gloria di San Martino di Cosimo Ulivelli.
All'altare di sinistra: alfresco di Bernardino Poccetti, raffigurante La Vergine, San Giovanni e la Maddalena (sec.XVI); sull'affresco, Crocifisso in legno intagliato e dipinto di ignoto artista dell'ambiente di Baccio da Montelupo.
A sinistra dell'altar maggiore; atfreschi di Giovan Battista Butteri con Storie di Sant'Agostino e Sant'Agostino a figura intera: dello stessa artista, il dipinto sull'altare maggiore degli inizi del Cinquecento, con la Deposizione di Cristo e gli affreschi sulla parete a destra con scena della vita di Santa Monaca e Santa Monaca (1583); coro ligueo e organo seicentesco.
L'ex convento con chiostro di stile toscano ospita attualmente varie organizzazioni ricreative e culturali giovanili, abitazioni e altri locali adibiti ad usi diversi.