Fin dal Medioevo i semplici varieta' vegetali con virtu medicamentose ￿si coltivavano in vari orti cittadini: particolare importanza rivestivano quello annesso all'ospedale di Santa Maria Nuova e quello del convento di Santa Maria Novella.
     Nel secolo XVI, intensificatosi l'interesse per lo studio del mondo naturale, il duca Cosimo volle un orto accademico, aperto cioe anche agli studenti fiorentini.
     A questo scopo acquisto nel 1545 un terreno dalle monache domenicane del convento del Maglio ￿ attuale scuola di Sanita Militare in via Venezia nella localita' chiamata Cafaggio, terreno situato fra il convento del Maglio e le stalle medicee attualmente palazzo dell'Universita'.
     L'Orto fiorentino puo essere considerato il terzo del mondo, preceduto solo da quelli di Pisa (1543) e di Padova (1545). La sistemazione del giardino fu affidata a Niccolo Pericoli, detto il Tribolo, architetto granducale, impegnato anche a Boboli e negli altri giardini medicei; egli vi realizzo' un tipico giardino cinquecentesco, spartito in base a criteri di classificazione delle specie, secondo un chiaro disegno; la scelta delle piante e la loro sistemazione venne affidata poi al botanico Luca Ghini. Vi si accedeva dal portale oggi al n. 8 di via La Pira.
     L'Orto, il contiguo Serraglio delle Stalle, e il laboratorio mineralogico, allora sistemato negli orti medicei del Casino di San Marco - oggi palazzo della Corte d'Appello- riunivano in questa zona della citta', allora zona di orti, i "regni della natura" cioe' piante, animali e minerali in un'organica sequenza.
     Alterne vicende segnarono la vita dell'Orto che ebbe periodi di grande splendore ai primi del Settecento, quando Cosimo III lo affido' alla Societa Botanica sotto la direzione di Pier Antonio Micheli, Giovanni, Ottaviano e Antonio Targioni Tozzetti che curarono la coltivazione, sia di essenze medicinali, sia di esemplari di interesse scientifico.
     Sotto la direzione del grande botanico Teodoro Caruel (direttore dal 1865 al 1895) furono costruite le serre, ambienti che da ottobre ad aprile traboccano di piante e suscitano l'ammirazone dei visitatori.
     Sulla fine del secolo, a conferma del valore e dell'importanza delle raccolte, il Giardino dei Semplici, venne ufficialmente assegnato al Regio Istituto di Studi Superiori - divenuto poi facolta universitaria - sotto il quale fu riunito tutto il settore botanico del Museo di Storia Naturale di via Romana, comprese le collezioni del giardi￿no di Boboli.
     II patrimonio vegetale dell'Orto e' attualmente costituito da circa 6.000 esemplari di piante fra cui si distinguono il Taxus baccata - l'albero piu' vecchio del giardino, piantato da Pier Antonio Micheli nel 1720 e la Quercus suber, di quasi duecento anni di eta', le collezioni delle palme, delle agavi, degli agrumi, delle felci, ma famosissima per l'eccezionale effetto del periodo della fioritura e la collezione delle azalee che comprende alcuni esemplari quasi centenari. La collezione delle piante medicinali, per lungo tempo dimenticata, e' tornata di recente in auge in conseguenza del rinnovato interesse per la medicina naturale.