Negli antichi documenti viene denominata anche Santa Lucia dei Bardi, dal nome della famiglia che aveva presso la chiesa le sue case d'oltrarno, o ''delle Rovinate'' perche' fu danneggiata nel 1547 da una frana dell' antistante poggio di San Giorgio insieme a 18 case.
     La sua fondazione avvenuta verso 1078 e' attribuita a Uguccione della Pressa che mori' prima che ne fosse terminata la costruzione; il figlio Magnolo porto a compimento l'opera e la chiesa ebbe l'appellativo ''dei Magnoli''.
    Sottoposta all'abate e al Monastero di San Miniato al Monte, nel 1734 fu ceduta al vescovo fiorentino che ne trasferi il patronato ai Da Uzzano poiche' Agnolo membro di questa famiglia, gia' nel 1421 aveva disposto nel testamento che con i suoi lasciti si dipingesse la cappella maggiore; il celebre fratello Niccolo, oltre ad eseguirne la volonta, offri' alla chiesta 400 fiorini d'oro meritandone il giuspatronato.
    Tra i vari benefattori della chiesa che la dotarono di importanti opere d'arte e i cui stemmi e iscrizioni sono tuttora visibili sulla facciata e all'interno, figurano i Capponi imparentati con i Da Uzzano, i Mozzi, i Lupicini, i Da Barberino, i Martelli e i Del Nente che ordinarono a Pietro Lorenzetti, per la loro cappella, la tavola su fondo oro con l'immagine di Santa Lucia titolare della chiesa.
     Nel 1732 la chiesa ebbe un totale rifacimento: fu restaurata anche nell'Ottocento e piu' recentemente, dopo l'alluvione del 1966.
    Nella lunetta del portale d'ingresso e una terracotta smaltata con Santa Lucia tra due angeli attribuita a Benedetto Buglioni. L'interno e' ad un'unica navata con soffitto piano a cassettoni, abside a catino e altari in pietra serena sul solfitto, Gloria di S. Lucia di Pietro Benvenuti (c. 1830).
Parete Sinistra: prima del 1'altare, l'Arcangelo Gabriele e l'Annunciata, attribuiti a Jacopo del Sellaio (c. 1473),
al 1 altare, Santa Lucia, tavola su fondo oro di Pietro Lorenzetti (c. 1332);
al 2° altare (dei Del Ruota), La Vergine in gloria col Bamblno e l Santi Giovanni Battista, Bernardo, Antonio Abate e Carlo Borromeo di Jacopo Chimenti detto l'Empoli (1620);
al 3° altare (Tucci Mori) dipinto secentesco raffigurante Santa Cri￿stina;
sulla parete, grande Croclflsso in legno detto ''della Compagnia dei Bianchi'' di artista allievo di Bacclo cla Montelupo (c. 1584), gia sull'altar maggiore.
Cappella Maggiore: Tornba quattrocentesca di Niccolo' da Uzzano, di Giovan Battista Marni; alla parete, Martlrlo dl Santa Lucia di Pier Dandini;
sull'altare Madonna in trana e santi, tavola di scuola florentina del sec. XVI che sostltulsca la farnosa "Tela de' Magnoli" di Domenico Veneziano oggi agli Uffizi, documentata in una rlproduzione posta sulla controfacciata.
Parete destra
3° altare (della Compagnia del Bigallo), tela di Ottavio Vanni￿ni, copia della Disputa della Santissima Trinita' di Andrea del Sarto che si trova alla Galleria Pitti
1' altare (Famiglia Nasi) Cristo in gloria, la Madonna, San Romualdo e altri Santi.
Sulla destra dell'ingresso si accede alla cappella della Madonna di Loreto che riproduce la ''Santa Casa" e nella qugle si venera un'immagine della Madonna portata nel 1592 da trentatre sacerdoti fiorentini in pellegrinaggio a Loreto.
Dipinti di Scuola fiorentine dei secoli XVIII e XIX si trovano nella cappella lauretana, nella sagrestla e nella canonica. Un'importante memoria storica e' quella relativa all'ospedale di Santa Lucia, confinante con la Chiesa, nel quale, secondo la tradizione, si sarebbero incontrati nel 1211 San Francesco e San Domenico.